The Rotting Man позволит вжиться в роль студента университета, устроившегося на подработку клерком в японское интернет-кафе. Повествование начинается с выполнения персонажем рутинных обязанностей, включая обслуживание кабинок и помощь посетителям в замкнутом пространстве. Постепенно заурядная рабочая обстановка превращается в сцену для череды странных и необъяснимых происшествий, нарушающих привычный распорядок.

Эти тревожные события усиливаются, превращая обычную с виду работу в жуткое испытание для протагониста, осваивающего новые обязанности. Геймплей в The Rotting Man разворачивается от первого лица, с акцентом на исследовании ближайшего окружения в формате симулятора ходьбы. Продвижение по сюжету включает навигацию по кафе и беседы с разнообразными персонажами, часто посещающими это заведение. Некоторые взаимодействия и открытия сталкивают главного героя с жестокими инцидентами и натуралистичными, кровавыми сценами, подчеркивающими элементы психологического хоррора.

Решения, принятые во время этих столкновений, и собранная информация становятся неотъемлемой частью дальнейшего развития событий для клерка. Сюжетная линия этого проекта нелинейна; она разветвляется в зависимости от решений, принимаемых на протяжении всей игры. Каждое действие вносит вклад в накопительный эффект, напрямую формирующий итоговые события, связанные с трудоустройством протагониста. Эта система причин и следствий ведет к 2 различным концовкам, где каждая становится прямым результатом конкретного игрового пути по разворачивающейся истории.