Starseed Pilgrim ставит игрока в роль садовника в пустоте. Эта фигура ухаживает за безмолвным пространством, сажая семена, создающие структуры из цвета и звука. Каждый новый росток вносит вклад в композицию, заполняющую бездну и преобразующую её прямым действием. Персонаж перемещается по этим новым платформам, продолжая процесс взращивания. Постоянно распространяющаяся тьма служит мотивацией для этого непрерывного созидания, подталкивая садовника к строительству нового мира вдали от её досягаемости.

Помимо культивации, опыт сосредоточен на исследовании и принятии грядущего. В игре Starseed Pilgrim персонаж выступает одновременно в роли беженца и искателя приключений, прокладывая курс через неизведанное. Это путешествие является процессом познания, раскрывающим новые места и управляющие ими особые правила. Каждая вылазка демонстрирует различные взаимодействия и явления в системах тайтла.

Герой учится через прямое участие, расшифровывая механики вселенной шаг за шагом и двигаясь всё дальше вовне. Результаты этого процесса напрямую связаны с концепцией судьбы. Каждый мир, выращенный из семени, временен, а его существование зависит от действий и открытий внутри него. Этот игровой цикл побуждает экспериментировать с различными подходами к строительству и странствиям. Вселенная содержит больше локаций и систем, чем кажется на первый взгляд, приглашая к повторным путешествиям для постижения её полного масштаба.