Bombe представляет собой основанную на сетке систему головоломок, где каждый уникальный логический сценарий решается только один раз. Игрок взаимодействует с полем, заполненным подсказками, которые в свою очередь генерируют связанные регионы из пронумерованных узлов. Основное действие — создание алгоритмов, которые влияют на эти районы с целью либо пометить клетку как бомбу, или очистить её, открыв безопасное пространство. Встроенный проверщик анализирует каждый новый алгоритм на корректность, гарантируя его соответствие внутренней логике проекта, прежде чем он навсегда добавится в инструментарий геймера.

Определяющей особенностью Bombe является ее система постоянной автоматизации. После того как алгоритм создан и проверен, он автоматически применяется повсеместно, разрешая любой случай ситуации, которую геймер уже проходил. Такой подход означает, что по мере продвижения знакомые головоломки очищаются мгновенно, оставляя для внимания только новые и неразобранные комбинации. Эта концепция лежит в основе тысяч уровней, все из которых проходятся исключительно с помощью дедукции без необходимости в угадывании.

Геймеры обладают дополнительными инструментами для управления информацией на игровом поле. Алгоритмы можно создавать не только для обработки районов, но и для их скрытия или удаления из вида, что позволяет освободить рабочее пространство. Система подсказок предлагает дополнительную поддержку, подсвечивая все клетки, которые можно определить с текущей информацией. Эта же система также способна убрать все ненужные регионы с поля, концентрируя внимание на непосредственной логической задаче, которую необходимо решить.