Crystal matrix начинается в 2123 году, во времена, когда Земля сталкивается с окончательной нехваткой энергии, что погружает целые регионы во тьму. В ответ человечество направляет силы на планету Геракл, мир, где научные экспедиции зафиксировали аномальную активность. После 10-летней разработки новой системы межзвездных путешествий, отряды прибывают для организации добычи ресурсов. Миссия сразу же встречает сопротивление: из-под земли появляются гигантские насекомые, которые нападают на рабочих и горнодобывающие комплексы, что вынуждает разворачивать защитные сооружения для удержания позиций.

Геймплей в Crystal matrix строится на тактическом размещении защитных конструкций для сдерживания волн насекомоподобных противников. Игроки должны расставлять на карте различные башни, а затем оснащать их разноцветными энергетическими кристаллами, от которых зависит функционал строения. Враждебные создания передвигаются по заданным маршрутам к базе людей, открывая коридоры для огня со стороны возведенных укреплений.

Ликвидация этих врагов приносит энергию, которая служит валютой для модернизации кристаллов, а также для усиления их мощи и дальности действия. Основная цель игрока — уберечь человеческую базу от захвата, ликвидировав всех врагов до того, как они достигнут конца своего пути. Геймерам предстоит адаптировать оборонительные порядки под разнообразный рельеф и коридоры для атак на множестве доступных карт. Для каждой локации в игре предусмотрены десятки уровней сложности. Кампании разворачиваются в 5 различных окружениях: песок, лес, холмы, снег и темные зоны.