Together We Live разворачивает свое повествование как визуальная новелла, игра, где аудитория следит за историей без возможностей для выбора игрока. Сознание Кёи возвращается к нему в тускло освещенной комнате, атмосфера которой пропитана запустением и тяжелой тишиной. Дезориентированный, он пытается понять, где находится и что произошло.

Вскоре в Together We Live появляется девушка, случайная спутница в этом забытом месте, и сообщает ему ошеломляющую весть: мир, каким они его знали, погиб. Это известие Кёя воспринимает с глубоким недоверием, ведь оно кажется совершенно нереальным. Тем не менее, он решает объединить усилия с этой загадочной незнакомкой. Вместе они отправляются в опасное путешествие через руины некогда процветавшего мира, цепляясь за призрачную надежду отыскать других выживших, другие признаки жизни среди всеобщего упадка.

У девушки, ставшей проводником Кёи в этом опустошенном мире, есть особое, предопределенное предназначение, которое диктует каждый аспект её существования. Её священный и одновременно ужасающий долг в рамках данного проекта — служить искуплением за все грехи человечества. Для этого она обречена на бесконечный игровой цикл страданий: ей суждено умирать и снова возрождаться. Этот процесс повторяется с неумолимой цикличностью — десятки, затем сотни, тысячи раз она проходит через агонию смерти и последующее воскрешение.