Mystery Island: Missing Amy повествует об Аде, исследовательнице, ищущей сестру, таинственно пропавшую месяцы назад. Сюжет разворачивается, когда Ада получает селфи от близкого человека; на снимке запечатлена пропавшая девушка на отдаленном острове, где морская вода имеет кроваво-красный цвет. Этот кадр побуждает Аду предпринять морское путешествие для поисков родственницы и изучения локации из таинственного послания.

Героиня находит способ переправиться на судне с капитаном, чьи мотивы остаются неясными, и пускается в плавание по штормящим водам. Преодолев серьезные трудности, она достигает берегов Mystery Island: Missing Amy — этот тайтл предлагает игроку исследовать остров, узнаваемый по его багровым волнам и алому побережью. Там девушка обнаруживает свидетельства прошлых происшествий: обломки воздушного судна на утесах, скелетированные останки в гротах, и все более непредсказуемое поведение капитана, что усугубляет обстановку.

Дальнейшее исследование показывает, что остров не просто необитаем; тихие звуки функционирующего оборудования слышны из потаенных лабораторных комплексов. Данная игра требует от геймера внимательности. Аде предстоит уклоняться от вооруженных патрулей, проникая в эти сооружения и перемещаясь незаметно через охраняемые территории. Внутри она узнает о заговорах, пока стремится спасти сестру и избежать опасных условий острова и темных деяний в его глубинах. Игровой процесс основан на решении головоломок и расследовании.