SOF: Enemy from the future предлагает игроку пошаговые тактические сценарии, где предстоит возглавить специализированный военный отряд Российской Федерации. Ключевая задача заключается в противостоянии инопланетным антагонистам, прибывшим из параллельного измерения или будущего. Эти сущности возникают в зонах массовых исчезновений на фоне аномальных атмосферных явлений и геомагнитных колебаний, побуждая команду расследовать данные феномены и намерения захватчиков.

Вы руководите своим подразделением в боевых столкновениях, стараясь получить информацию о внеземной угрозе. Геймплей в SOF: Enemy from the future сфокусирован на управлении отрядом в тактических битвах, результат которых определяют действия геймера и параметры бойцов. Формирование команды осуществляется через назначение солдатам уникальных ролей: медика, снайпера, штурмовика или разведчика, каждый обладает своим набором навыков и снаряжения.

Такая система позволяет собирать боевые группы под конкретные стратегические подходы. Особенностью этой игры является возможность целиться в определенные части тела врага во время схватки, влияя на итоги атаки. Кампания развивается через последовательность миссий с различными требованиями для выполнения, от уничтожения указанных неприятельских построек до спасения захваченных людей. Каждое задание подталкивает к использованию тактического мышления против оппонентов, обладающих индивидуальными боевыми характеристиками. Конфронтация с армиями пришельцев составляет основу конфликта, тогда как одновременный сбор знаний об их цивилизации представляет более масштабную цель.