Astronite - Landing on Neplea выступает вступлением, знакомящим с масштабным проектом в жанре 1-битной метроидвании. Этот пролог сочетает динамичные сражения, предполагает изучение связанных локаций, разгадывание загадок окружения и преодоление платформенных секций, характерных для жанра. Игрок сразу встречает первое серьезное испытание Астронита: схватку с противником по имени Кронч, что задает тон дальнейшим столкновениям.

Основной игровой процесс Astronite - Landing on Neplea требует применения боевых навыков вместе с умением ориентироваться и решать задачи, чтобы двигаться вперед по планете. Данный эпизод знакомит с базовыми механиками и завязкой этой истории. Сюжет разворачивается вокруг Миссии 2205, представленной как последняя надежда для изгнанных коренных обитателей Неплеи.

Много поколений назад местные жители обнаружили загадочную Сущность глубоко в ядре планеты, однако длительное изучение не позволило понять её природу или намерения. Впоследствии эта Сущность сформировала армию, с помощью которой захватила власть и полностью вытеснила неплеанцев с их родной земли. Тайтл ставит игрока в роль персонажа Астронита, одинокого космического странника, принявшего на себя непростую миссию по изгнанию захватчиков. Основная задача состоит в перемещении по оккупированной территории и противостоянии власти Сущности ради возвращения планеты её исконным жителям.