For Mother Matron знакомит с историей Лиззи, обитательницы изолированного, разрушающегося поселения The Boarding. Община отрезана от остального мира плотным туманом и подчиняется Матери Матроне, требующей от всех почитания. Мать Матрона дает Лиззи и двум юношам, Паксу и Ричу, задание изучить The Crepuscule — систему туннелей под поселением. Известно, что из этих глубин возвращаются единицы, причем вернувшиеся претерпевают необратимые психические изменения, теряя рассудок. Получив указание, троица спускается под землю.

Геймплей For Mother Matron строится вокруг управления Лиззи в опасных условиях The Crepuscule. Этот проект применяет механики интерактивного повествования, где решения влияют на сюжет и жизнь героев. Выборы делаются в напряженной обстановке и определяют исход истории, полной мрачных тем и отражающей гнетущую атмосферу The Boarding. Успешное прохождение зависит от способности ориентироваться в ситуациях с риском для жизни, попутно раскрывая тайны поселения и сущность Матери Матроны. Внутри игры геймер столкнется с противниками, показанными через отталкивающие физиологические детали, и моментами, требующими быстрой реакции для спасения.

Фундаментом процесса выступают исследование и выбор в атмосфере разрухи и психологического напряжения. По ходу сюжета возникают обстоятельства, создающие чувство тревоги через демонстрацию угроз и их последствий для действующих лиц. Повествование развивается согласно принятым решениям, открывая разные финалы для Лиззи, ее спутников и загадок их изолированного мира. Окружение — и поселение наверху, и туннели внизу — само по себе служит источником конфликтов и сюжетного напряжения.