Skeleton Hell представляет собой кооперативный хоррор, где геймерам предстоит действовать в роли скелетов, заточенных в подземном месте заключения. Основная задача заключается в совместном поиске утерянных человеческих органов для возвращения к жизни. Пребывание в форме скелета открывает особые возможности: персонажи могут отделять и метать собственные кости или даже запускать товарищей для преодоления преград и решения загадок локации. Совместные действия необходимы для продвижения сквозь опасные глубины.

В Skeleton Hell останки служат важнейшим ресурсом, а не просто метательным снарядом. Фрагменты скелета расходуются для воздействия на окружение, отвлечения преследователей или помощи другим скелетам в сложных ситуациях. Аккуратное распоряжение этим ресурсом критично, ведь кости одновременно олицетворяют жизненные силы; утрата частей скелета приближает к окончательному распаду. Кроме того, уровни населены различными враждебными существами со своим поведением, которых нужно избегать при помощи скрытности или смекалки в процедурно создаваемом окружении.

Уклонение от этих угроз первостепенно, чтобы не оказаться снова в стартовой камере. Главная цель для каждого — отыскать свое сердце, сокрытое где-то в пределах уровня. Обнаружение этого утерянного органа требует внимательного исследования пространства и является ключом к побегу в надземный мир. Взаимодействие между персонажами в игре выходит за рамки простой поддержки; одни могут сообщать о находках или помогать другим в поисках после достижения собственной цели. С другой стороны, существует возможность обмануть или подставить соратников, заведя их в ловушки под предлогом содействия.