Shutter передает под управление игрока Кита, нового сотрудника, прибывшего в исследовательское учреждение L.I.E. (Learn, Investigate and Exploit — Изучать, Расследовать и Использовать). Основа геймплея — изучение этого комплекса, сфокусированное на решении логических задач, которые ставит окружение. Геймеры применяют особую фотокамеру как главный инструмент взаимодействия, изменяя предметы через манипуляцию перспективой. Эта ключевая механика требует перемещения по различным областям учреждения.

Продвижение в Shutter заключается в проведении Кита через исследовательскую установку уровень за уровнем. Перемещение включает стандартные для платформера действия: прыжки и преодоление преград, встречающихся внутри строения. Фотоаппарат остается важным на всем пути, давая возможность менять элементы обстановки, чтобы обойти барьеры и двигаться к конечной точке. Поставленная задача — добраться до последнего этажа здания L.I.E. Эта игра требует внимательности к деталям.

В ходе путешествия можно находить и подбирать вещи, помогающие раскрыть предысторию локации. Среди этих коллекционных находок есть костюмы для Кита, различные документы с информацией и аудиокассеты с записями. Обнаружение данных элементов помогает сложить воедино повествование о событиях, случившихся на объекте до прибытия протагониста. Весь игровой процесс разворачивается в антураже, оформленном с визуальными отсылками к космической эре.