Pecker предлагает освоение мира, построенное на использовании особого инструмента главного героя. Игрок управляет птицеподобным созданием с гнущимся клювом, служащим основным способом перемещения. Клювик цепляется за стены, а затем, разгибаясь, подбрасывает персонажа вверх, позволяя двигаться по вертикали. Геймплей включает прохождение уровней, построенных на этой механике перемещения, решение головоломок и столкновения с противниками.

Для продвижения необходимо освоить технику катапультирования клювом. Персонажи в Pecker занимаются подъемами, исследованием локаций и сбором предметов. Задача состоит в том, чтобы применять механику лазания для доступа к новым областям и сбора разбросанных объектов. Кроме того, эта игра поддерживает совместное прохождение до 4 человек на одном экране в режиме разделения, позволяя команде вместе преодолевать препятствия. Окружение содержит разрушаемые элементы, что добавляет интерактивности происходящему на экране.

Исследование проходит в мире со средневековой тематикой, представленном различными зонами. Предстоит раскрывать скрытые элементы в этих локациях по мере движения вперед. Путь пролегает через парящие острова, замки, леса, заснеженные и ледяные территории, а также местности, похожие на пляжи или пустыни. Каждый биом отличается своим строением и таит секреты, которые предстоит найти, используя паркур с помощью клюва.