XENOBREAKERS: Classic Tower Defense позволяет геймерам управлять системой обороны на планете Кернас. Основная задача игрового процесса — защита Билли и команды потерпевшего крушение транспортника Локвуд во время их перехода к точке эвакуации в Дроп Сити 237. Необходимо не дать враждебным силам, включая крупных насекомых и неисправных дроидов, захватить указанный путь и прорвать оборонительные рубежи. Передвижение отряда отображается через фрагменты в виде нарисованного от руки комикса.

Геймплей в XENOBREAKERS: Classic Tower Defense строится на стратегическом размещении и управлении оборонительными башнями. Начинать предстоит с 5 базовыми типами сооружений, каждый из которых служит для отражения противников. Данные постройки улучшаются через несколько уровней до выбора одной из двух веток специализации, создавая 10 особых вариантов и доводя общее число типов защитных единиц до 15, каждая со своими возможностями. Для этих особых единиц доступны последующие улучшения, что открывает простор для персональных оборонительных стратегий против различных угроз.

Кроме возведения башен, геймеры применяют 4 разные активные способности для выхода из трудных ситуаций во время неприятельских атак. Результативность в миссиях вознаграждается медалями, служащими валютой для открытия 48 доступных умений. Эти умения дают возможность совершенствовать имеющиеся активные способности или усиливать характеристики башенных построек. Предусмотрена опция сбросить вложенные очки умений и перераспределить их, но это недоступно в режиме Хардкор.