Reverse: 1999 — это стратегическая RPG, посвященная путешествиям во времени по XX веку. Феномен под названием Буря произошел в мире в последний день 1999 года, из-за чего наблюдаемая реальность начала необъяснимо откатываться назад под падающими каплями дождя. Геймеры берут на себя роль Хранителя времени, ответственного за наблюдение за разными историческими периодами, непосредственно наблюдая за этим реверсом в минувшие эпохи. Цель этого приключения — полностью раскрыть правду о загадочной Буре и конкретных событиях, прочно связанных с 1999 годом.

Выступая Хранителем в Reverse: 1999, персонаж странствует сквозь время после каждого проявления непогоды, направляемый Фондом. Ему помогает Сонетто, могущественная союзница-Арканист из этой организации, в выполнении основной задачи — поиске других индивидов, именуемых Арканистами. Эти особенные личности обладают уникальной способностью предчувствовать приближающиеся временные аномалии и искажения реальности. Миссия требует оперативно отправляться в эпохи с наиболее высокой активностью Бури для спасения этих Арканистов до того, как неумолимый поток времени их безвозвратно сотрет из истории.

Сюжет этой истории разворачивается в условиях детально проработанной альтернативной истории, охватывая значительную часть XX века, начиная с бурных 1920-х годов. В этом необычном мире существуют Арканисты — индивиды со сверхъестественными способностями, которых раньше называли магами или колдунами, теперь вынужденные искать пути непростого сосуществования с обычными людьми. Тайтл последовательно раскрывает природу этих таинственных созданий и их истинную роль в измененном ходе событий, а геймеры исследуют различные временные отрезки для понимания центральной загадки происхождения непогоды.