Сюжет игры Elder Scrolls 2: Daggerfall завязан на том, что главному герою великий император поручает миссию. Согласно заданию, персонажу придется отправиться в город Даггерфолл, в котором покоится дух древнего короля. Эту сущность следует освободить и отправить в потусторонний мир, после чего узнать, почему зашифрованное послание к девушке-шпионке не дошло. В этом письме указано точное местонахождение двигателя энергии, которое поможет для возрождения железного голема. Это существо под названием Нумидиум когда-то давно помог Императору построить свое царство с нуля.

Постепенно продвигаясь по сюжету The Elder Scrolls II: Daggerfall, оказывается, что этим посланием завладевает король Червей. Он узнает, что этой энергией завладел правитель подземного царства, который пробуждает после длительного сна. Чтобы передать манускрипты, игроку придется отыскать убийцу древнего духа, уничтожить его, освободить приведение от пребывания на земле и только после этого свободно распоряжаться двигателем и записями, необходимыми для запуска.

Для более удобного передвижения и ориентации по всем локациям, геймеру доступна карта. На ней изображено более 40 городов, в каждом из которых можно побывать благодаря открытому миру. В игре доступны 7 концовок, на каждую из которых влияют те действия, которые совершал игрок во время прохождения. Например, если главгерой решит самостоятельно активировать Нумидиума, то эта сущность выйдет из-под контроля геймера, убьет персонажа, но последствие будет полностью повержен силами всех приближенных государств.