System Shock 2 продолжает рассказ о противостоянии людей искусственному интеллекту SHODAN. После первой части игры казалось, что враг окончательно повержен, но экспедиция к планете Тау Кита доказала обратное. Главный герой просыпается в криогенной камере ультрасовременного космолета "Фон Браун", и выясняет, что других выживших на борту нет. Зато есть таинственный шепот из темноты, отдающий ему приказы. Есть и инопланетная сущность, Многие, захватившая тела и разумы экипажа. В конце концов, безымянный космолетчик должен последовательно разобраться со всеми угрозами человеческой расе, но будет ли эта победа окончательным уничтожением SHODAN – неясно.

Специализации главного персонажа в System Shock 2:

• Морпех, отличается высоким уровнем жизненной силы и ловким обращением с оружием;
• Хакер, легко взламывает бортовые системы и перехватывает управление отсеками на корабле;
• Псионик обладает экстрасенсорными способностями.

Преодолевая уровни и исследуя "Фон Браун", главгерой улучшает свои навыки и проходит тренировки, чтобы эффективнее взламывать компьютеры, метко стрелять, активно атаковать противника. Персонаж усиливает себя за счет брони и имплантов, вооружается не только различным оружием, но и подбирает к нему разные типы боеприпасов. Все, что подбирается игроком, в инвентаре может не поместиться, поэтому собирать предметы и бонусы нужно с умом. Тратиться на улучшения – тоже, поскольку внутриигровой валюты на все прокачки точно не хватит.