Classic Marathon 2 продолжает сюжетную линию сразу после событий на борту корабля-колонии Marathon. Протагонист оказывается внезапно захвачен искусственным интеллектом Durandal. Эта сущность перемещает главного героя в отдаленную звездную систему для своих целей. Весь игровой процесс проходит с видом от первого лица в научно-фантастическом антураже. Данный сиквел предлагает линейную одиночную кампанию, основанную на механиках экшена и шутера.

В Classic Marathon 2 миссия игрока заключается в исследовании обширных руин, оставленных исчезнувшей цивилизацией на чужой планете. Задача — отыскать сведения о пропавшем клане и раскрыть тайны, хранившиеся веками. Геймерам предстоит столкнуться с древними противниками, применяя различное вооружение и тактические приемы. Для выживания необходимо одолеть враждебные силы и ориентироваться в представленном инопланетном окружении.

Эта игра поддерживает несколько способов взаимодействия с контентом помимо одиночного сюжета. Предусмотрена возможность объединяться с другими для совместного прохождения миссий кампании. Кроме того, соревновательные многопользовательские режимы позволяют геймерам сражаться друг против друга на специальных аренах. Данный проект делает оригинальный тайтл Bungie 1995 года доступным для запуска на современном оборудовании благодаря усилиям сообщества, которое сохранило ключевые функции и добавило дополнительные возможности, вроде поддержки широкоформатных дисплеев и работы при 60 кадрах в секунду.