Populous: The Beginning - симулятор бога, являющийся третьей игрой в линейке игр. Главным отличием от предыдущих частей является то, что теперь игрок управляет не бестелесной формой божества, а женщиной-шаманкой, возглавляющая первобытное племя. Кампания состоит в том, что народ перемещается на другие планеты и подчиняет себе другие коренные народы, параллельно разыскивая новые источники магической силы. Главная задача игры - довести шаманку до состояния божества.

Впервые в серии геймплей переезжает полностью в трехмерное пространство. Основной игровой процесс происходит на планетах. С помощью специальных способностей шаманки, можно менять ландшафты земли. После требуется обеспечить благополучие жителям племени и избавиться от врагов в окрестностях. Для того, чтобы задать назначение каждому юниту, достаточно кликнуть на героя и отдать приказ на строительство здания или напасть на врага. Кампания включает в себя 25 планет. Игроку предстоит воевать с другими племенами, возглавляемые другими магами: дакини, чумарой и матаки. Новые способности и знания шаманка получает в том случае, если находит тотемы, которым требуется помолиться. В Populous 3: The Beginning несколько видов воинов:

• воины - бойцы ближнего боя;
• метатели огня - воины на дальней дистанции;
• проповедники - могут задерживать вражеское войско или вербовать противников на свою сторону;
• лазутчики - шпионы, способные проникать на чужую базу и устраивать поджоги.

Ресурс в игре всего один - мана, которая поступает от жителей племени. Чем выше количество людей в поселении, тем быстрее добывается ресурс. С помощью заклинаний, шаманка может вербовать диких жителей планеты в своих верных последователей. Также можно применять магию на уничтожение врагов, вулканов и рой пчел, именуемые Ангелами Смерти. Нередко основная битва происходит между двумя шаманами, обрушивающие друг на друга мощные магические атаки.