Church Simulator посвящена прямому управлению приходом и паствой. Центральные задачи игрока включают совершение обряда крещения через погружение младенцев в святую воду — действие, несущее риск утопить ребенка при неверном исполнении. Прочие обязанности охватывают прием исповедей, а также надзор за свадьбами и похоронами для местной общины. Финансовое благополучие храма зависит от сбора пожертвований с прихожан и грамотной организации продажи Библий, свечей и прочих сувениров с церковной лавки.

Помимо повседневных обрядов, Church Simulator делает акцент на стратегическом менеджменте и физическом расширении святыни. Геймер приобретает мебель, картины и статуи в магазине для изменения внутреннего убранства здания, стремясь сделать пространство более притягательным для потенциальных последователей. Особая механика связана с применением детектора для обнаружения и изгнания нечистой силы, способной проклясть храм и прилегающее кладбище. Подобные действия требуют бдительности для сохранения святости территории и защиты прихода от сверхъестественных угроз.

Игровой процесс распространяется и на окрестную деревню, подразумевая взаимодействие с местным населением. Сюда входит решение проблем селян, визиты к торговцам за припасами и чтение проповедей с амвона. Также предстоит благословлять людей крестом для их наставления и совершать небольшие поступки, вроде кормления бездомных животных. Вся эта деятельность способствует общему росту прихода, требуя от юзера соблюдения баланса между экономическим управлением, духовным наставничеством и взаимодействием с общиной.