Сюжет Black Skylands переносит игрока в путешествие по фантастической вселенной, в которой Земля состоит из тысяч маленьких островков, парящих в воздухе. Люди наслаждались свободой до тех пор, пока не появились угрозы в виде таинственного Улья и бандитов, сеющих хаос везде, где они появлялись на горизонте. После того как Последние вторглись в дом главного героя, он поклялся им отомстить. Вдобавок ему необходимо добраться до гнезда Улья и уничтожить его, прежде чем влияние оного распространится на весь мир.

В проекте за происходящим пользователь наблюдает сверху вниз. Разработчики предоставляют огромный открытый мир, состоящий из более чем двадцати островов, различающихся по своим биомам. Итак, протагонист посетит заснеженные земли, густые леса, сельскохозяйственные поселения и фермы и, наконец, различные города. Путешествовать по миру игры придется пешком, а также используя реактивный ранец либо на борту самолета. В основе игры лежит выполнение различных задач. Их реализации препятствуют противники, с которыми персонаж имеет дело с применением огнестрельного оружия или тяжелого арсенала на борту корабля. По мере продвижения удастся увеличить боевой потенциал главного героя, открывая различные улучшения для кораблей и отдельных орудий убийства, а также приобретая артефакты, дающие особые навыки; последние особенно полезны во время сражений с могущественными боссами.

Во время перерывов в борьбе за наведение порядка в мире можно посвятить время восстановлению семейного дома героя, для чего используется сырье, полученное по пути. Black Skylands имеет красочную графику, выполненную в технике пиксель-арт. Хотя на первый взгляд она выглядит словно из шестнадцатибитной эпохи, ее визуальный слой был обогащен рядом современных решений, включая дневной и ночной цикл.