Zexion предлагает игроку перемещаться по миру Сайфер-Икс72, локации с нелинейной структурой. Геймеры управляют космическим воином Нату, который отправляется на эту планету с конкретной целью. Задание состоит в том, чтобы обнаружить технологию под названием Зексион. Получение этой разработки представлено как способ предотвратить разрушение родного мира Нату, Оринта. Игровая среда представляет собой обширную, взаимосвязанную карту, предоставляющую возможности для тщательного исследования.

Отыскать технологию Zexion является основной задачей для персонажа. Однако Нату не единственный, кто ищет её. Галактические военачальники и космические пираты представляют конкурирующие интересы, с намерением использовать Зексион для расширения своего влияния по всей галактике. Продвижение по неизведанным областям планеты требует нахождения особых устройств, чтобы открывать ранее недоступные маршруты.

Игровой процесс сфокусирован на поиске разнообразных улучшений экипировки, необходимых для навигации по Сайфер-Икс72 и получения доступа к новым локациям. Среди находок могут быть Силовой Бластер — оружие, стреляющее пулями, способными двигать блоки и отбрасывать противников, а также Гравитационный Ремень, позволяющий совершать короткие перелёты. Подобные артефакты открывают доступ к новым зонам, наполненным опасностями. Боевые системы позволяют стрелять в 8 направлениях независимо от движения.