SHUTEN ORDER погружает геймера в историю воскрешенного основателя религиозной нации, пробудившегося без воспоминаний после расчленения. Ему отведено всего 4 дня на завершение божественного испытания: найти и устранить своего же убийцу среди 5 министров. События разворачиваются в мире, которому осталось существовать 168 дней, на фоне стремительного становления Ордена Сютэн в качестве нового государства. Главная задача — выжить, совершив казнь виновного.

Основное расследование в SHUTEN ORDER разветвляется на 5 уникальных путей, причем каждый предлагает совершенно иную форму взаимодействия в зависимости от выбранного подозреваемого. Выбрав одного министра, игрок столкнется со стелс-экшеном, включающим побег от преследователя в трехмерном окружении. Иной вариант предлагает детективное приключение, требующее осматривать места преступлений, опрашивать свидетелей и использовать функцию Snapping для детального изучения улик и показаний на совещаниях.

Другие сюжетные ветки кардинально меняют процесс прохождения, предлагая визуальную новеллу с переключением между разными персонажами для выживания во время теракта. Следующий путь оборачивается романтическим приключением, где для разоблачения отравительницы предстоит выстраивать отношения с 3 героинями в академии посредством диалогов и своевременных признаний. Финальная линия сюжета — это смертельная игра на выживание, заставляющая допрашивать последнего возможного виновника.