При всей своей пиксельной олдскульности, Ion Maiden использует достижения современных технологий, благодаря чему в игре воплощены гораздо более масштабные уровни, используются сотни новых цветов, а также существует возможность трансформации уровней прямо посреди прохождения. 
Игра расскажет о Шелли «Бомбе» Харрисон, которая заслужила свое прозвище в качестве эксперта Глобальных сил обороны по обезвреживанию бомб. Но когда Джадус Хескель, глава культа трансгуманистов, выпускает в бой свою кибернетическую армию, Шелли меняет свое отношение к бомбам и начинает использовать их против нового врага. 
Путь Шелли будет устлан мертвыми телами и залит кровью, пока она будет пробираться через сложные уровни с альтернативными маршрутами, заполненные секретами и пасхалками на потеху поклонникам жанра.