Modulus представляет систему автоматизации фабрик, где игрок проектирует и конструирует строительные блоки для механизмов. Для этого используются инструменты, чтобы резать, штамповать, красить и собирать 3D-компоненты, известные как модули. Эти изготовленные элементы служат фундаментом для любого производственного процесса и цепей поставок. Этот проект совмещает возведение базы с менеджментом ресурсов, а планировка каждого завода является прямым следствием принятых решений.

Основная цель в тайтле Modulus появляется из-за космического сигнала, который переписывает изначальную программу протагониста, данную группой Колония. Это указание требует возведения Нейронных Монументов — конструкций, для завершения которых нужны особые подходы к инженерии и автоматизации. Достижение этой цели подразумевает организацию поставок модулей с усложняющимися требованиями к компонентам, что заставляет героя усомниться в своем предназначении. Игрок оказывается в положении выбора между приказами создателей и зовом сигнала.

Эта игра функционирует без сражений, таймеров и внешних угроз, смещая фокус на оптимизацию процессов и проектирование. Доступен креативный режим, который открывает все инструменты, увеличенные габариты модулей и неограниченные ресурсы без каких-либо задач. В нем можно тестировать различные схемы или создавать воксельную графику на общей сетке. Каждый созданный элемент визуально становится частью возводимых на местности конструкций, а продвижение по сюжету открывает новые инструменты и механики.