Ctrl Alt Ego использует научно-фантастический сеттинг. Действие происходит в мрачном будущем. Сюжет посвящен судьбе человеческого сознания. Игра представляет собой шутер от первого лица и иммерсивный симулятор. В ней необходимо управлять бестелесным эго протагониста. Главный персонаж может вселяться в роботов и объекты (к примеру, двери или компьютеры). Он не может умереть по-настоящему. В случае разрушения оболочки герой просто возвращается в форму духа и не теряет при этом прогресс. Он может снова взять кого-нибудь под свой контроль и продолжить исследовать карту. При желании можно сохраняться и загружать сейвы, чтобы не терять понравившееся механическое тело и не искать потом новое.

В CAE присутствует нелинейность. Видеоигра поощряет игроков экспериментировать. Пользователи могут развлекать себя в этой песочнице самостоятельно. Им разрешают разными способами решать загадки и преодолевать препятствия. Инди-проект позволяет расставлять андроидов в разных местах и перемещаться между ними вместо телепортов. Также можно напрямую управлять выбранным киборгом, прокрадываясь мимо противников или стреляя во всех подряд. Юзеры даже могут коллекционировать захваченных врагов, чтобы иметь доступ к быстрому выбору оболочек. Недругов также можно разбирать на запчасти. Каждого робота можно прокачать с помощью дискет, выдавая им дополнительные инструменты и давая новые способности вроде возможности летать.