ZAKESTA-Z представляет собой вертикальный скролл-шутер с пятью различными этапами. Игрок пилотирует корабль, основное орудие которого усиливается на пять отдельных уровней, повышая выходную мощность с каждой ступенью. В дополнение к этому, система вспомогательного вооружения предоставляет огневую поддержку, и каждый ее тип обладает тремя стадиями улучшения. Продвижение по вертикально движущимся локациям требует контроля над обеими атакующими системами для устранения угроз.

Ключевая механика набора очков в ZAKESTA-Z связана со стратегическим применением Z-ZONE — кругового поля, которое создается за счет расхода особой шкалы. Любые подобранные в периметре этой области бонусы превращаются в элементы, дающие большее количество очков, что подталкивает к точному позиционированию и расчету времени. Игра предоставляет три разных режима, меняющих структуру испытаний. Геймер может выбрать NORMAL для стандартного прохождения, ZOGEN с динамически меняющимся уровнем сложности или ZUTTOZ, где весь игровой процесс проходит на максимальном ранге с самого старта.

Тактический арсенал для разных боевых ситуаций:

• Оружие, стреляющее в направлении, противоположном движению аппарата.
• Излучатель, проецирующий лазерный луч.
• Барьер, наносящий урон врагам и их снарядам при контакте.
• Вращающийся вокруг корабля шар с аналогичным защитным действием.
• Боеприпас, который взрывается при столкновении с целью.
• Самонаводящаяся пуля, преследующая вражескую технику.