5 Minutes Until Self-Destruction начинается с запуска протокола самоуничтожения на космическом челноке, вынуждая действовать незамедлительно и под давлением. Строгий пятиминутный обратный отсчет задает высокий темп происходящему. Игрок перемещается по отсекам с видом от первого лица, сталкиваясь с чередой взаимосвязанных загадок. Основная миссия — справиться с этими испытаниями и отыскать выход до того, как судно будет полностью разрушено. Подобная обстановка проверяет логическое мышление и наблюдательность в условиях жесткого лимита времени.

Внутри 5 Minutes Until Self-Destruction станция заполнена связанными между собой головоломками и различными мини-играми. Эти элементы проверяют логику и скорость мышления по мере прохождения. Решение одной задачи часто открывает доступ к новой области или последующему испытанию. Конечная цель, механизм самоуничтожения, видна с самого начала. Эта игра требует выяснить последовательность шагов, необходимых для достижения и обезвреживания устройства до истечения таймера.

Игровой процесс намеренно короткий, а время на его завершение зависит от скорости мышления и действий человека. Для поддержки такой структуры предусмотрены быстрая загрузка и моментальный перезапуск для новых попыток. Также имеется отдельный счетчик для энтузиастов скоростного прохождения, желающих оптимизировать свой результат. Хотя закончить всё менее чем за пятиминутный лимит с первого раза достижимо, это представляет собой серьезное испытание для любого, кто не знаком с планировкой объекта.