WAGAMAMA HIGH SPEC повествует про приключения паренька по имени Наруми Коуки, что является довольно забитым и неудачливым человеком. Юноша занимается работой в написании манги для еженедельного журнала, в котором публикуются рассказы сомнительного качества и с грязным содержанием. Молодой человек держит в секрете свою подработку, рассказав об этом только двум близким друзьям: Михоро и Тоа. Игра выполнена в виде визуального романа, где каждое действие игрока сказывается на сюжете.

Сюжетная линия в ВАГАМАМА ХАЙГ СПЭК позволяет пользователям насладиться жизнью простого парня, что вследствие странного круговорота событий оказывается втянут в школьные разборки. Президент школьного клуба Рокуонджи Каоруко оказывается иллюстратором его манги, поэтому они уговаривают юношу присоединиться в клуб. Приходится согласиться, чтобы его секрет с написанием сценариев остался при нем, полностью сохраняя личностную конфиденциальность.

В процессе бесед с коллективом выясняется, что вице-президент Эш выступает против протагониста, из-за чего следует череда конфликтов. Игрокам предстоит предпринимать действия за героя, чтобы оказывать влияние на построение истории в интерактивной новелле. Получится выбирать варианты реплик в происходящих между персонажами диалогах, а также определяться с доступными для Наруми Коуки решениями, чтобы устранять моменты с трудными моральными дилеммами.