Monster Mop Up позволит вжиться в роль Хранителя из Министерства по Сокрытию Монстров. Главная задача — отыскать и вернуть заблудившихся созданий, Рагамаффинов, попавших в человеческий мир. После этого ему предстоит планомерно устранить все материальные свидетельства их пребывания на каждой локации. Процесс включает в себя отмывание пятен и уничтожение экскрементов путём смыва или сжигания. Успешное выполнение поручений открывает доступ к передовому снаряжению и различным улучшениям для рабочего инструментария.

Игровые локации в Monster Mop Up простираются от небольших жилищ до обширных банкетных залов и многоэтажных отелей, требующих полного восстановления. В этих местах предстоит активно выискивать Рагамаффинов, зачастую спрятанных и нуждающихся в поимке. Каждый вид этих созданий оставляет после себя уникальный беспорядок, а неверное обращение с ними приводит к появлению дополнительных отходов. Геймер может задокументировать каждого спасённого питомца в Монстропедии — справочнике, детализирующем их имена, возраст и личные интересы.

Помимо миссий по наведению чистоты, эта игра предлагает управлять личной базой, также служащей приютом для спасённых Рагамаффинов. Жилое пространство можно расширять, возводя новые помещения по мере прохождения. Для кастомизации доступен ассортимент из более чем 150 предметов меблировки и декора для обустройства жилища. Геймеру отводится роль архитектора и дизайнера этого центрального хаба, создающего общую среду для себя и собранных в ходе вылазок существ.