Deus Ex: Game of the Year Edition - стелс-экшен, рассказывающий про мир 2052 года, когда корпорации полностью захватили власть над обществом, а аугментации стали неотъемлемой частью жизни человека. Мир переживает экономический кризис, активизировались различные террористические организации, а люди страдают от пандемии - Серая смерть. Главный герой игры - спецагент Джей Си Дентон, который должен разобраться со всем этим хаосом, встретившись лицом к лицу с иллюминатами, теориями заговора и тайнами Зоны 51.

Игровой процесс представляет собой иммерси сим. Предоставляется большая локация, где есть множество разных методов достижения цели. Игра не наказывает игрока за выбранный им путь. Все зависит лишь от наблюдательности и возможностей приращений. За совершенные действия игрок получает очки опыта, распределяемые по 11-ти разным навыкам героя: холодное оружие, огнестрел, тяжёлое и взрывчатое вооружение, взлом замков, терминалов и компьютеров; медицина, плавание и ношение экипировки.

Наноаугментации открываются по мере прохождения игры сюжета. Они дают множество возможностей, среди которых увеличение объема легких, приращение силы, скорости, регенерация здоровья, невидимость, улучшенное зрение, защита, дрон-шпион, дезориентация роботов и камер и многое другое. В самом начале кампании Deus Ex: Game of the Year Edition будет по умолчанию доступно три улучшения: Свет, Свой/Чужой и Даталинк. В зависимости от стиля прохождения, Дентон будет использовать различные инструменты: отмычки, мультитулы, модификаторы для оружия, аптечки, энергобатареи и т.д. Сюжетную линию можно пройти полностью в стелс-режиме, никого не убивая, включая боссов.