В Infected Mushroom Pinball главная задача геймера — управлять шариком на психоделическом столе, где действие направляет музыкальный ритм. Продвижение напрямую зависит от выполнения серии специальных режимов, запускаемых после захвата снаряда центральной мишенью-грибом. Успешное завершение этих этапов открывает доступ к следующим испытаниям, каждое с уникальной аудиовизуальной темой. Весь игровой процесс подан как путешествие по альтернативным измерениям, объединяя физику полёта шара с мелодиями и создавая особую, меняющую восприятие атмосферу.

Возможности для набора очков в Infected Mushroom Pinball расширяются за счёт нескольких особых механик. Движущиеся металлические рельсы сигнализируют о шансе на комбо-удар, при успешном выполнении возвращающий снаряд к плунжеру для попытки получить Extra Ball. Также можно активировать Multiball, зафиксировав шарики и превратив каждый гриб на столе в мишень для джекпота, ценность которого определяется числом заблокированных снарядов. Специальные режимы переносят шар в иные миры с начислением баллов за попадание в такт музыке.

На итоговый счёт влияют множители и прямое взаимодействие с автоматом. Бонус за завершение режима достигает 4х, если провести сферу через все верхние дорожки. Отдельный множитель сложности поощряет игроков, настраивающих стол для более трудной игры, например, уменьшая флипперы или регулируя чувствительность к тилту. Физическое воздействие — ключевой компонент геймплея: аппарат нужно подталкивать и трясти для контроля траектории снаряда, однако излишнее усердие приведёт к блокировке.