Metavoidal ставит игрока в роль барабанщика после неудачного прослушивания в метал-группе. Музыкант обнаруживает, что творчество коллектива контролирует реальность, превращая мир во враждебную среду. Армия оскверненных фанатов теперь стоит на пути к свободе, навязывая волю своих кумиров. Чтобы разрушить это проклятие, барабанщику предстоит дать отпор каждому участнику зловещей команды, используя лишь пару барабанных палочек. Этот путь требует перемещаться по церкви, наводненной их последователями и другими ужасами.

Задача — обратить музыку коллектива против них самих, собирая утерянные пластинки, разбросанные по каждой локации. В конце уровня проигрыватель поглощает силу из этих артефактов и предлагает на выбор 3 композиции. В Metavoidal каждое решение добавляет умение в персональный плейлист, наделяя барабанные палочки эффектами огня или молнии. Игроки формируют этот набор навыков в ходе каждой попытки, совмещая элементы треков для создания уникальных боевых подходов. Эта система позволяет применять различные тактики при повторных забегах по здешним местам.

Вооружившись растущим плейлистом, протагонист пробивается через оскверненные катакомбы и церковные залы. Этот игровой процесс не основан на ритме; это прямое боевое столкновение с применением барабанных палочек в качестве основного оружия. В конце каждой зоны один из музыкантов вызывает на дуэль. Каждый артист, от клавишника до гитариста, предложит уникальный поединок со своим набором умений, и главному герою необходимо одолеть их, чтобы продолжить путь. Сразив всех оппонентов, можно обрести свободу.