Three Wishes начинается с того, как героини Адди, Минт и Эми находят упавшую звезду с сущностью внутри, предлагающей им три желания. Игрок совершает выборы, определяющие эти желания, причем каждое последующее решение усложняет предыдущее. Такой процесс ведет к разветвленной структуре повествования с 12 различными финалами. Полное прохождение всей истории занимает около 3 часов.

Особенности исполнения заветных желаний в Three Wishes:

• Принятие решений, ведущих к одной из 12 уникальных развязок.
• Прямой контакт с героинями через уникальную систему поглаживаний.
• Динамичные визуальные метаморфозы, полностью меняющие облик персонажей.
• Система живых реплик, раскрывающая мысли и эмоции героинь.

Прямое взаимодействие с действующими лицами реализовано через систему, позволяющую физически поглаживать их на экране практически в любой момент. Другая механика представляет реакции персонажей на события и диалоги в реальном времени посредством коротких текстовых строк. Эти реплики функционируют как вторичные комментарии, раскрывая внутренние мысли или немедленные ответы на основную беседу. Это придает глубину характерам во время сцен.

Каждая сюжетная ветка включает разнообразный реквизит и визуальные эффекты, сопровождающие игровой процесс. Принятые решения могут привести к значительным изменениям спрайтов для определенных сегментов игры. Например, одна из историй предполагает полное превращение главных героинь в сладости, из-за чего их арты перерисовываются для отражения этого состояния на протяжении конкретного эпизода. Подобные метаморфозы напрямую связаны с загаданными желаниями.