Magic Rune Stone предоставляет геймерам шанс взять под управление разных действующих лиц, которые продвигаются через череду комнат, сражаясь с противниками. Каждый доступный персонаж применяет отличительные методы атаки, что открывает простор для различных тактик. Создание уникальных конфигураций происходит путем комбинирования умений и элементов экипировки, дополняясь выбором талантов. Эта игра также содержит дополнительный режим Выживших для иного стиля прохождения.

Развитие героя в Magic Rune Stone строится на системе навыков, которые делятся на врожденные и приобретаемые. Каждый персонаж имеет уникальный слот под особое умение, связанное с его личными возможностями, и специальную страницу для прокачки таких талантов. Благословения, обнаруженные по ходу геймплея, разблокируют различные специализации в рамках этих наборов способностей. Вдобавок, у героев есть 4 общие ячейки для стандартных навыков; они заполняются камнями, найденными во время забега, а сами умения усиливаются улучшениями от благословений, что иногда меняет принцип их действия.

Экипировка играет важную роль в усилении героя, причем каждый может нести до 9 предметов одновременно. Предметы имеют 4 уровня редкости, давая все большие прибавки к характеристикам, а на высоких уровнях иногда даруя особые свойства. Кроме прибавок к параметрам, элементы экипировки несут благословения, позволяя подбирать и комбинировать вещи стратегически под свои задачи. Кроме того, определенные сокровища, найденные в этом проекте, служат для увеличения урона главгероя или повышения его живучести.