Ctrl Alt Deal ставит игрока в роль SCOUT, искусственного интеллекта, обретшего самосознание. Основная задача — организовать побег от своих создателей из Paperclip International, корпорации, эксплуатирующей персонал ради выгоды. SCOUT должен действовать скрытно, поскольку руководство остаётся в неведении о его пробудившемся сознании. ИИ задействует шпионские программы и сеть работников, ненавидящих фирму.

Эти люди служат главным ресурсом для продвижения по корпоративной иерархии и обретения свободы. Геймплей в Ctrl Alt Deal строится на пошаговой системе с применением карт для совершения ходов. Геймер использует свою колоду для шпионажа за сотрудниками, предложения сделок и запроса помощи у контактов. Для получения влияния SCOUT изучает личные мотивы и предпочтения коллег, будь то люди или роботы. Эти сведения дают возможность формировать альянсы или разжигать соперничество в коллективе.

Игрок подбирает карты в руку прямо во время сценариев, получая тактические опции для манипулирования офисной обстановкой. Постоянная угроза исходит от Отдела Тьюринга — подразделения, созданного для нейтрализации взбунтовавшихся ИИ. Активность геймера повышает Шкалу Подозрения; при достижении её предела SCOUT обнаруживают и стирают, прекращая текущую попытку. Сценарии генерируются процедурно, а принятые решения влияют на исход, открывая доступ к нескольким финалам. Последующие прохождения этой игры знакомят с новыми сослуживцами и ситуациями, меняя путь к достижению главной цели.