Boxville 2 представляет историю о банках, которые населяют город, построенный из картонных коробок. Повествование начинается с того, как двое приятелей берутся за важное поручение от мэра: подготовить салюты для городского праздника. Серьезная ошибка во время приготовлений приводит к сбою, из-за чего фейерверки разлетаются в разные стороны, вызывая суматоху по всему мегаполису.

В возникшем беспорядке один из компаньонов пропадает, что побуждает протагониста, красную банку, отправиться в путь, чтобы все исправить и отыскать своего товарища. Путь главного героя включает в себя доскональное исследование районов Боксвилля и его многочисленных потайных локаций. Это приключение не ограничивается городскими чертами, поскольку игрок должен направлять банку в места за пределами центра в поисках решений. Геймплей Boxville 2 строится на преодолении череды препятствий, представленных в виде головоломок.

Продвижение по сюжету требует от геймера находить ответы на эти задачки, которые вплетены в окружение, исследуемое персонажем. Поиски друга и восстановление города зависят от успешного преодоления этих средовых барьеров. Игровой процесс позволяет направлять действия персонажа и изучать мир при помощи интерфейса point and click. Эта игра интегрирует десятки логических загадок и мини-заданий непосредственно в сюжет, что делает их обязательными для прохождения. В тайтле отсутствуют письменные или устные диалоги. Вместо этого все действующие лица общаются исключительно при помощи наглядных речевых облачков с картинками.