The Fool's Apprentice предлагает геймеру взять под контроль Арканиста Тарна в условиях школы волшебства. Предстоит руководить подопечными, применяя к ним заклинания для направления обучения и деятельности. Способы включают левитацию, управление сознанием, очистку памяти и принудительное перемещение сквозь порталы; выживание студентов в ходе этого процесса не гарантировано. Ключевая задача заключается в направлении этих неискушенных учеников к конкретным результатам, определённым геймером.

В The Fool's Apprentice создание Тайной Консерватории и руководство ею занимают центральное место в игровом опыте. Нужно возводить исследовательские комплексы, улучшать магические рабочие места разного уровня опасности и открывать направления, связанные с Арканонаукой — сочетанием волшебства и инженерии. Стратегические решения касаются также похищения жителей города Голрион для проведения опытов. Предпринятые в Консерватории действия влияют на город и общее восприятие этой новой эры объединенной науки.

Предстоит решать дилеммы, возникающие по ходу игры, принимая решения, которые сказываются на развитии маго-механических областей. Создание оптимальной учебной среды включает выбор конкретных магических дисциплин и рабочих станций. Кроме того, необходимо управлять общественными настроениями в Голрионе, так как ограничение доступа к научным достижениям способно спровоцировать беспорядки среди населения. Нужно определить, подавлять ли стремления подопечных или потенциально делиться знаниями с народом.