Withered Flower ставит игрока в роль детектива, расследующего серию взаимосвязанных убийств в Соединенных Штатах 1980-х годов. Игровой процесс включает изучение мест преступлений. Игроки собирают улики для расследования. Кроме того, проведение допросов различных персонажей необходимо для раскрытия правды и продвижения основного расследования. Эта визуальная новелла использует нелинейную структуру. Следовательно, выборы игрока влияют на развитие сюжета и его возможные исходы. Выживание остается постоянной задачей наряду с основной целью – раскрытием представленной серии убийств. Сохранение жизни требует постоянного внимания.

Протагонист попадает в эту ситуацию как обычный человек, отличающийся от героических архетипов и хранящий личные тайны. Последствия прошлых действий активно влияют на текущие обстоятельства и отношения. На протяжении игры участники сталкиваются с морально неоднозначными ситуациями, требующими решений. Сам игровой мир воздерживается от представления однозначных этических путей, требуя оценки перед принятием решения. Любой неверный шаг или выбор влечет за собой возможность фатального исхода, преждевременно завершая расследование. В сюжетной линии присутствуют компаньоны, взаимодействующие с детективом и потенциально влияющие на события. Дополнительно, игра включает материалы для взрослых. Этот контент представлен через анимированные сцены и отдельные статичные иллюстрации, призванные дополнить повествовательный опыт.