Click and Conquer представляет систему управления ресурсами через военные действия. Основной геймплей основан на сбросе бомб на сетку для обнаружения замаскированных вражеских отрядов. Каждый вскрытый юнит приносит валюту, служащую центральным ресурсом для дальнейшего развития. Полученные средства распределяются на увеличение пассивного дохода и повышение разрушительной силы каждого боеприпаса. Цикл расходов и накоплений определяет продвижение игрока по доступным этапам.

Основная цель в игре Click and Conquer — последовательное прохождение 12 карт. Каждая следующая локация открывает более обширную территорию для зачистки и сулит повышенные вознаграждения. Продвижение структурировано двумя отдельными ветками умений: одна посвящена экономическим апгрейдам, а вторая ориентирована на боевые способности. Грамотное распределение ресурсов между этими направлениями необходимо для освоения доступных земель.

Этот тайтл включает систему престижа, позволяющую полностью обнулить текущий прогресс. Данное действие обменивает освоенные карты и улучшения на перманентные бонусы, сохраняющиеся при последующих перезапусках. Один из таких постоянных бонусов — ядерная бомба, изменяющая стандартный игровой процесс зачистки сетки. Эти перманентные усиления создают дополнительный уровень развития, выходящий за рамки стандартных веток прокачки.