Kindaichi Mystery Series: The Honjin Murders рассказывает о первом деле, которое расследовал детектив Коскэ Киндаити. Центральное событие случилось 26 ноября 1937 года, около 4:00 утра: Кэндзо Итиянаги, потомок хондзина, и его молодая жена Кацуко Кубо были найдены мертвыми в луже крови на их супружеской постели. Гибель настигла пару внутри изолированного флигеля в ночь свадьбы, а снежный покров снаружи скрыл следы возможного беглеца.

Детектив Киндаити приезжает на место происшествия для изучения обстоятельств загадочного преступления в замкнутом пространстве и приступает к сбору сведений по этому делу. В проекте Kindaichi Mystery Series: The Honjin Murders геймер ведет следствие совместно с автором детективов из Окаямы. Игровой процесс состоит из сбора свидетельств деревенских жителей и людей, причастных к происшествию вокруг семейства Итиянаги. Геймерам предстоит изучать полученные показания и найденные улики, соединяя разрозненные факты, чтобы воссоздать картину произошедшего и установить истину о двойном смертоубийстве.

Финальной целью станет объединение всех материалов для написания романа, детально излагающего суть расследования. Сюжет затрагивает темы, связанные с общественным укладом периода Сёва, намекая на связь убийств с особенностями того времени. Прохождение игры требует взаимодействия с полученными показаниями и зацепками, чтобы продвинуть историю к финалу. Такой подход позволяет игроку раскрыть обстоятельства и мотивы гибели людей в изолированном помещении. Этот тайтл концентрируется на методичной детективной работе и составлении логичной версии событий на основе противоречивых или неполных данных.