Astro Prospector ставит игрока во главе корабля с двойной задачей: добыча ресурсов и прямое столкновение с корпорацией. Основная деятельность включает вылазки в астероидные поля для получения материалов под названием коффероиды, контролируемых SpaceCorp. Помимо сбора ценностей, ключевой целью миссии становится захват семян AstroCoffee из хранилищ структуры. Это создает конфликт, в котором действия геймера представляют собой кампанию по освобождению товара от монополии во благо человечества.

Игровой процесс Astro Prospector построен как инкрементальный bullet hell, где выживание и развитие тесно связаны. Необходимо перемещаться по 25 различным зонам, каждая из которых представляет уникальные вражеские машины и заканчивается сражением с боссом. Противоборствующие силы активно мешают продвижению, заполняя экран снарядами, что требует постоянного маневрирования для избежания уничтожения. Задача состоит в том, чтобы уворачиваться от атак и одновременно выводить из строя технику, развернутую SpaceCorp, сочетая механику полета с элементами шутера.

Прокачка управляется системой улучшений, сосредоточенных на звездолете, который является единственным инструментом для добычи и боя. Разветвленное древо умений открывает путь к усилению мощи судна и получению особых функций по мере продвижения в игре. Новые способности и навыки приобретаются не только за счет трат накопленного, но и через выполнение конкретных заданий и планомерное уничтожение автоматизированных подразделений корпорации. С более чем 100 отдельными апгрейдами для внедрения, корабль проходит через постоянные поэтапные усовершенствования, повышающие его боевую эффективность против сильного противника.