Cyber Avenger передает игрокам управление одиноким секретным агентом, который выполняет задание по пресечению деятельности террористической группы. Эта группировка завладела разработкой, способной привести к катастрофическим последствиям. Приказ командования однозначен: устранить обозначенную угрозу, действуя в полной тайне, чтобы предотвратить губительные результаты. Эта задача потребует от геймера перемещения по 5 разным картам в научно-фантастическом сеттинге, пробираясь незамеченным сквозь вражеские ряды.

В Cyber Avenger агент встретит множество противников на указанных локациях. Силы неприятеля представлены бойцами с дробовиками, снайперами, ведущими огонь с дистанции, специалистами рукопашного боя и смертниками, готовыми подорвать себя рядом с протагонистом. Для противостояния этим опасностям персонажу доступно несколько видов вооружения, включая дробовики, винтовки и снайперские ружья, что открывает возможности для разных тактик в бою этой игры.

Действие разворачивается в нескольких зонах отдаленных секторов галактики, концентрируясь вокруг хорошо укрепленной базы террористов. Успешное выполнение зависит от способности избегать поднятия тревоги и не позволять противнику обнаружить присутствие агента на протяжении всего задания. Задачи меняются от карты к карте, включая такие цели, как диверсии на определенных вражеских объектах и выведение из строя систем электроснабжения. Достижение поставленных целей требует от игрока внимательного планирования и точности действий.