Flower in Us представляет повествование, где протагонист просыпается в подвале после жестокого нападения, стеревшего всю личную память. Рядом находится связанная молодая женщина, во взгляде которой читается знакомое чувство, безответное для персонажа игрока. Она узнает главного героя, но это узнавание не взаимно, что немедленно создает напряжение в замкнутом пространстве. Первая цель — сориентироваться в этой суровой обстановке и оценить сложившуюся ситуацию.

В Flower in Us взаимодействие с окружением является основой для продвижения по сюжету и осознания всей ситуации. Геймерам предстоит исследовать локации, изучать объекты и собирать предметы, способные помочь в поиске выхода на свободу. Диалог с пленницей выступает ключевой механикой геймплея, поскольку ее осведомленность может раскрыть важные сведения или ее личные сложные мотивы и прошлое.

Каждая улика и беседа приближают к осмыслению своего заточения и предшествовавших ему событий. Главная задача в этой игре — прервать цикл заточения в подвале и кропотливо восстановить забытую личную историю. Этот процесс включает прямое столкновение с истинами, сокрытыми в прошлом девушки и ее признанной личной тьме. Посредством этих взаимодействий определяется природа связи, формирующейся между двумя людьми в стрессовой ситуации. Исход повествования зависит от решений, принятых во время расследования, и последующего развития этих сложных человеческих отношений.