Shrink Rooms помещает игрока в секретную камеру с обрушивающимися стенами. Центральная задача заключается в решении пошаговых задачек путем перемещения ящиков, чтобы расчистить путь к выходным воротам. Каждый ход требует наблюдения за сжатием стен и точного планирования шагов, чтобы избежать падения в глубокие ямы или активации ловушек. Необходимо использовать интерактивные механизмы внутри этапов, такие как сигнальные платы, полимеры и портальные стены, для манипуляции с окружением.

Успех означает побег из камеры; провал приводит к тому, что персонажа раздавит в лужу плоти сжимающееся пространство. Игровой прогресс в Shrink Rooms управляется через сцену выбора, где персонаж может свободно передвигаться. Завершение основных испытаний дает очки вычислительной мощности — ресурс для разблокировки последующих глав из 5 различных тематик. Более замысловатые головоломки с высокой степенью сложности расположены в отдаленных областях карты выбора, представляя отдельные тесты на логику для тех, кто их ищет.

Такая структура нелинейна, что позволяет осматривать центральный мир. Помимо 300 этапов, игра поощряет изучение своих сцен для получения дополнительного контента. Можно находить скрытые локации, которые не являются частью основного пути прохождения и предлагают новые испытания. Также существуют виртуальные выставки с материалами на тему черного юмора, интегрированными в окружение. Большое количество этих запрятанных элементов и пасхалок доступно для открытия при внимательном осмотре локаций.