Missing Banban начинается с того, что Шериф Тоадстер, главный герой, сталкивается с загадочным исчезновением своего приятеля. Одновременно, в его мире, переживающем потрясения, начинает действовать темная сила. Игрокам отводится роль этого шерифа-жабы, единственного, кто способен противостоять угрозе и разобраться в происходящем на протяжении множества этапов. Центральной задачей становится поиск пропавшего товарища – миссия, толкающая протагониста на приключения.

Все действо разворачивается в рамках динамичного сайд-скроллера, где успех зависит от скорости реакции и тщательности исследования. Продвижение в Missing Banban требует исследования разнообразных локаций, включая пляжи, леса и секретные фабрики, где предстоит собирать улики по делу о пропаже. Механика передвижения персонажа включает навигацию по платформам, карабканье по стенам, рывки для уклонения и прыжки для преодоления ловушек и других опасностей.

Эффективное использование метательных снарядов против враждебных созданий и своевременное уклонение от их атак становятся залогом выживания. Изучение каждой территории открывает возможности для диалогов с обитателями этого мира, чьи сведения могут быть важны для расследования. Боевые столкновения предполагают нейтрализацию противников, преграждающих путь, для чего игра предоставляет доступ к арсеналу вооружения. Применение различных видов оружия со специальными способностями персонажа позволяет вырабатывать тактику для каждого боя, повышая шансы на успех.