Главный герой Soldier of Fortune 2 Double Helix - агент по имени Джон Маллинс. Он отправляет в Прагу, чтобы сопроводить советского ученого Петра Ивановича и помочь ему скрыться. Петр занимался разработкой секретного оружия "Биопрепарат". Солдат удачи 2: Двойная спираль - это экшен от первого лица, в котором требуется выполнять поставленные цели и уничтожать врагов.

Миссии будут происходить в разных странах и включают в себя подуровни. Перед началом задания позволяется выбрать снаряжение. По мере прохождения кампании Soldier of Fortune 2 Double Helix будут открываться новые стволы и экипировка. Арсенал Джона насчитывает 16 видов пушек и 10 типов гранат, среди которых M1911A1, US SOCOM, USAS-12, RPG-7 и т.д. Во время выполнения заданий, игра может сгенерировать случайные мини-миссии, среди которых убийство, спасение, проникновение или побег.

Враги имеют продвинутый искусственный интеллект, позволяющий им использовать окружение и применять гранаты, не давая возможности отсидеться в укрытиях. Некоторые противники могут вернуть гранаты обратно, поэтому рекомендуется кидать сразу несколько штук во время напряженных перестрелок. Присутствуют механики стелса, однако враги никогда не ходят поодиночке, поэтому следует тщательно продумывать тактику.

Второстепенные задание следует выполнять, поскольку они влияют на общий ход истории. Одной из особенностей шутера является регулировка уровня жестокости, позволяющая задать параметр того, насколько жестоким будет убийство противников, позволяя отстреливать врагам любую часть тела. Попав врагу в руку, он не сможет вести прицельный огонь, если выстрел прилетит в ногу, то противник будет хромать и т.д. Создатели потрудились над физической моделью тел, которые простреливаются, взрываются и разрушаются, соблюдая законы физики и баллистики.