Whispers of Prague: The Executioner's Last Cut предлагает point-and-click приключение в Праге. Игроку предстоит вжиться в роль Виктора, программиста, также занимающегося поиском спрятанных сокровищ. Ситуация, начинающаяся как последствия светского раута, стремительно оборачивается для него персональным разбирательством со множеством взаимосвязанных деталей. Он приступает к задаче выяснить обстоятельства, окружающие Палача — историческую личность, чьи деяния порождают тревогу.

Это дело вынудит его встретиться с утаенными фактами. В процессе прохождения Whispers of Prague: The Executioner's Last Cut Виктор задействует искусственный интеллект ARNEAS для отслеживания зацепок, относящихся к определенным артефактам. Данные предметы не так давно оказались в центре внимания местного сообщества кладоискателей. Его изыскания раскрывают вероятную связь его бабушки с событиями пятидесятилетней давности.

Параллельно Виктор начинает получать послания от некоего культа; последователи этой группы сосредоточили все свое внимание на реликвиях, имеющих отношение к упомянутому Палачу, что подталкивает протагониста к столкновению. Эти депеши содержат намеки на опасность. Основная задача Виктора состоит в разоблачении подробностей минувших деяний Палача и в примирении с аспектами его собственной родословной. Итоги предпринятого следствия и принятые решения определят его дальнейшую судьбу. Каждый выбор способен изменить направление сюжетной линии, ведя к отличающимся развязкам. Структура данной игры такова, что действия игрока напрямую влияют на последующее развитие повествования.